Le conseil scientifique fixe les orientations scientifiques, prépare les appels à propositions de recherche, expertise les réponses, évalue les résultats des projets et initie des actions d’animation et de valorisation du programme. Placé sous la présidence de Sophie Bonin, sa composition est pluridisciplinaire.
Les membres du CS de l'APR 2020 :

Sophie BONIN
Paysagiste, Ecole nationale supérieure du paysage Versailles

Eric ALONZO
Architecte-urbaniste, EAVT Paris-Est

Charlotte BIGARD
Sciences de gestion, AgroParisTech Montpellier

Carmen CANTUARIAS
Économiste, groupe Espi

Céline CLAUZEL
Géographe, Université Paris Diderot

Denis DELBAERE
Paysagiste, ENSAP Lille

Philippe GUTTINGER
Juriste, Université Paris Ouest Nanterre La Défense

Nicolas HAUTIERE
Ingénieur, Ifsttar

Julien HAY
Économiste, université de Bretagne Occidentale

Marthe LUCAS
Juriste, IUT Avignon

Pascal MARTY
Géographe, université de Paris 1

Sylvain MOULHERAT
Écologue, Terroïko

Agnes PATUANO
Paysagiste, Wageningen University

Fabien QUETIER
Écologue, Biotope

Carme ROSELL PAGES
Écologue, Minuartia - Catalogne
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Laurent SIMON
Géographe, université de Paris 1

Eric TABACCHI
Écologue, université Toulouse 3

Marguerite TROCME
Écologue, Office fédéral suisse des routes

Sylvie VANPEENE
Écologue, Inrae
Les membres du CS de l'APR 2017 :
- Sophie Bonin
- Céline Clauzel
- Philippe Clergeau
- Bernard Davasse
- Denis Delbaere
- Pascal Gastineau
- Philippe Guttinger
- Julien Hay
- Yves Le Lay
- Marthe Lucas
- Bas Pedroli
- Richard Raymond
- Marie-Eve Reinert
- Carmé Rosell
- Eric Tabacchi
- Marguerite Trocmé
- Sylvie Vanpeene
- Bruno Villalba