Le comité d’orientation est chargé de définir les orientations du programme, de déterminer les propositions de recherche prioritaires et de participer à la mise en place les actions d’animation, d’évaluation et de valorisation du programme.

Le comité d’orientation est constitué de représentants des ministères et organismes suivants :

Ministère de l’Environnement, de l'Énergie et de la Mer
ADEME, agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie
FRB, Fondation pour la recherche sur la biodiversité
CEREMA, centre d’expertise sur les risques, l’environnement, la mobilité et l’aménagement
SNCF Réseau
VNF, Voies Navigables de France
RTE, Réseau de transports d’électricité
ASFA, association des sociétés françaises d’autoroute
GRTgaz, gestionnaire réseaux transports de gaz
ENEDIS
TIGF, Transport et infrastructures Gaz France
Eiffage
LISEA
CDC Biodiversité, caisse des dépôts et consignations biodiversité
SETEC, Société d'études techniques et économiques
Président du conseil scientifique du programme.