Deux programmes opérationnels de services du MEDDE sont associés au programme ITTECOP sur des sujets étroitement liés aux infrastructures de transports terrestres : 

1 - Des opérations expérimentales d’offre de compensation des atteintes à la biodiversité, porté par le service de l’évaluation économique du MEEDE 

2 - Le rétablissement des continuités écologiques des infrastructures de transport existantes, porté par la Direction de l’Eau et de la Biodiversité du MEDDE